El Gobierno del Estado de México ante la necesidad de fortalecer los instrumentos del sistema de profesionalización, consideró necesario separarlo del sistema de administración de personal, a fin de constituir dos sistemas especializados e interdependientes que, por un lado, consolidara el modelo de profesionalización y enfatizara la formación, capacitación y evaluación del desempeño como premisas para el acceso y la estabilidad en el servicio y, por el otro, configurara una gestión moderna de los recursos.
El 25 de junio de 2003 se creó, mediante Acuerdo del Ejecutivo del Estado, el Instituto de Profesionalización de los Servidores Públicos del Poder Ejecutivo del Gobierno del Estado de México, como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Administración, adscrito a la Subsecretaría de Servicios Administrativos, con autonomía técnica para el ejercicio de sus atribuciones y con el objeto de planear, organizar, operar, controlar y evaluar los sistemas de reclutamiento, selección, inducción, capacitación y evaluación del desempeño de los servidores públicos del Poder Ejecutivo del Gobierno del Estado, y de vincularlos con el régimen escalafonario.
Como resultado de la fusión de la Secretaría de Finanzas y Planeación con la Secretaría de Administración, el 31 de agosto de 2004 se establece su adscripción a la Dirección General de Modernización y Calidad, conservando su naturaleza jurídica.
El 1 de noviembre de 2005, se establece su readscripción a la Dirección General de Administración de Personal, con el propósito de dar mayor coherencia, unidad e integralidad a las tareas sustantivas de la Secretaría de Finanzas, Planeación y Administración.
El Plan de Desarrollo Estado de México 2005-2011, establece el fortalecimiento del Instituto de Profesionalización para desarrollar programas de capacitación y profesionalización de los servidores públicos de las dependencias, y así contribuir en el logro de una administración eficiente y eficaz, fortaleciendo los instrumentos del sistema de profesionalización priorizando la cultura de servicio, a través de la capacitación y desarrollo a los servidores públicos.
En marzo de 2009 se adscribió, este órgano desconcentrado, a la Dirección General de Personal de la Subsecretaría de Administración, otorgándole a su titular el nivel de dirección general, con el propósito de impulsar las acciones de profesionalización, y de centrar las funciones relativas a la capacitación y desarrollo de los servidores públicos del Poder Ejecutivo del Estado. Se transfirieron las funciones de reclutamiento, selección, inducción, promoción escalafonaria y evaluación del desempeño a la Dirección General de Personal.
En 2012, se realiza una restructuración, creándose la Dirección de Profesionalización, quien asume funciones relacionadas con la organización, seguimiento y control de los programas institucionales, así como para el fortalecimiento de convenios de colaboración con instituciones de educación superior.
En marzo de 2015, se publica un nuevo Reglamento de Profesionalización para los Servidores Públicos del Poder Ejecutivo del Estado de México, a través del cual el Instituto de Profesionalización de los Servidores Públicos fortalece su actuar mediante una política de desarrollo institucional, personal y profesional. Además se formaliza el concepto de profesionalización que señala la Ley del Trabajo de los Servidores Públicos del Estado y Municipios, el Reglamento Interior de la Secretaría de Finanzas y las propias atribuciones con que cuenta el Instituto.
El 18 de mayo de 2017, se alienan los conceptos en materia de profesionalización, el objeto y atribuciones de la institución como de las de su Titular, destacando de manera importante su carácter como Institución Educativa, como órgano desconcentrado de la Secretaría de Finanzas, con autonomía técnica para el ejercicio de sus atribuciones y rector de la profesionalización del servicio público, adscrito a la Subsecretaría de Administración.
Para fortalecer los subsistemas que integran el Sistema de Profesionalización, en el año 2019 se autoriza al Instituto una nueva estructura de organización integrada por cinco unidades administrativas, convirtiendo a la Subdirección de Investigación y Estrategias de Profesionalización en Dirección y creando la Subdirección de Desarrollo Curricular.